甜糯玉米具有很高的营养价值和经济价值。生产上合理运筹肥料是促进甜糯玉米壮苗早发、建立高光效高产群体、提高品质及风味的重要途径。
增施有机肥有机肥能提高地力，增强土壤保肥能力，确保植株生长稳健、籽粒品质好。
合理施化肥氮肥能明显提高玉米产量，但氮肥施用过多会降低籽粒品质。适当增施磷钾肥，可以减少籽粒中的淀粉含量，提高果穗营养价值，改善加工品质和适口性。根据地力水平和品种需肥特性配方施肥。氮肥中基肥集中施于播种行内穴间，一般占总施用量30%；苗肥于幼苗3～4叶期施用，大苗不施或少施，小苗多施，用量占总施用量10%～20%；穗肥于7～8叶期重施，施用量占40%～50%。甜糯玉米在乳熟期就摘穗收获，粒肥通常可不施，如前期施肥不足或苗情较弱，可在灌浆初期酌情施用粒肥，同时喷施生化制剂，促进穗大、籽粒饱满。磷钾肥在土壤中移动性小、不易流失，一次性作基肥集中施于播种行内有利于根系吸收，促进壮苗早发。
补施微肥甜糯玉米生长发育需要一定量的锌、铁、锰、硼、铜、钼等微量元素，可喷施适当浓度的微肥。