未经过发酵腐熟肥料多为家禽和家畜粪便，其中含有多种病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，未腐熟肥料在泥土中发酵时，容易滋生病菌与虫害，也导致植物病虫害的发生。
未经过发酵腐熟肥料施入土中进行发酵，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
未经过发酵腐熟肥料在分解进程中产生甲烷、氨等有害气体，使泥土和作物产生酸害和根系损害。
未经过发酵腐熟肥料在分解进程中耗费土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧情况，会使作物生长受到抑制。
未经过发酵腐熟肥料多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，所以未发酵肥料直接施用时使肥效减慢。
未经解决直接使用，未经过发酵腐熟肥料体积大，有效成分低，运输不便，使用成本高。