用杀菌剂灌根是防治农作物根部病害的一项简便易行的有效措施，但灌根时要注意以下几点。
药物选择要合理
选择针对性强，并且具有较高治病功能的杀菌剂，不要盲目用药，尽可能地减少浪费，防止延误防治时机，降低药效。
使用浓度要恰当
杀菌剂尽量与氨基酸类液肥或具有刺激根系发育的激素混合施用，药液的浓度以不高于1500倍为宜，防止造成土壤含水量（作物根系周围土壤水分浓度）过高。灌根后7天内棚内勿浇灌大水，否则会使药液浓度降低，影响杀菌效果。
土壤生物要兼顾
选择的杀菌剂施入土壤后不能破坏土壤内部的生物群体和生态平衡。如已使用菌肥的棚室，尽量不用杀菌剂灌根防病。如果作物病害开始发生，且呈迅速蔓延趋势，则不要考虑菌肥问题，应立即实行灌根，减少损失。
药害补救要及时
灌根后如发生药害反应，出现植株萎蔫、黄化、滞长等症状，应及时采取如下补救措施：迅速浇一次清水，以稀释土壤中药液的浓度；及时用生根剂或云大120进行喷淋同时灌根，以缓解药害，促使根系尽快恢复生机，让植株转入正常生长。