微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。
微生物肥料还有一些其它肥料没有的特殊作用：
1.提高化肥利用率的作用
微生物肥料在解决化肥利用率低方面有独到的作用。根据中国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2.在绿色食品生产中的作用
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，全球都在积极发展绿色农业(生态有机农业)，生产安全、无公害的绿色食品。近年来，中国开始使用具有特殊功能的菌种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
3.微生物肥料在环保中的作用
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法：
(1)将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料。
(2)工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。
4.改良土壤作用微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，有利于提高土壤肥力。