石灰氮有毒，受潮后体积膨大，放出毒气，遇高温还会引起火灾或爆炸，所以必须注意安全。
粮、种子、饲料以及菸草等不要与化肥同放在一个仓房里，以免变味、变质或食用后引起中毒。存放化肥的仓房必须保持干燥，堆放化肥的地方要避光通风，也不要靠墙和贴地，垫高2～3尺，以防吸湿潮解，降低肥效。
每年冬季农民手中都贮存有当年剩余或为明年春播购进的化肥，有些人不懂得化肥的性质，忽略了科学管理，任意堆放，不但降低了肥效，而且容易发生危险。各种化肥都有不同的特性，有的呈酸性或碱性，有的有腐蚀性或毒性，有的极易吸湿结块，有的又易挥发遗失，还有的易燃易爆。特别是进入春季后仓库里适度加大，必须根据各种化肥的不同特点，采取妥善的贮存方法，避免变质或降低肥效。
不同种类的化肥在库房中要单存单放，拴上标签，注明名称和化学成份，一定不要混堆混放。硫酸铵、硝酸氢铵、氯化铵和氨水等铵态氮肥，遇到草木灰、石灰和石灰氮等碱性肥料时，容易造成氮素挥发，降低肥效；硝酸铵、硝酸钠等硝态氮肥与过磷酸钙混放，会使肥料潮解，引起硝态氮逐渐分解，变成气体跑掉，造成不应有的损失。
化肥在库房里要选干燥地方存放，防水防潮。化肥一般都易溶于水，受潮或沾水后极易结块或化成液体流失掉，严重影响肥效。硝酸铵、碳酸氢铵等化肥有很强的吸湿性，极易潮解；硫酸铵、氯化铵、尿素等化肥吸潮后会结成硬块，既降低肥效，又给施用带来麻烦。贮存时必须谨防包装袋破损，不要堆积在室外，任其风吹、雪盖、日晒。在室内也要用木板垫起来，离地面0.3米以上，同一种化肥也不要堆得太高。
化肥要存放在低温避光的地方，氮肥怕热，遇热后氮素会变成氨气跑掉，降低效力。特别是硝酸铵又易燃易爆，绝不要同汽油、酒精或硫磺等易燃物品混放在一个仓房里，以免发生事故。